林允宁的语气很平静,他打开终端,敲下了一行命令:
pythonpim_cc。py--datatau_subset_1k。dat--modebackward
按下回车。
笔记本的风扇开始发出微弱的嗡鸣声,屏幕上,进度条缓慢地向前移动。
时间一分一秒地过去。
程新竹紧张得不停地咬着自己的手指甲,眼睛死死盯着屏幕。
几个小时后,当时钟指向凌晨一点,进度条终于走到了100%。
一个Matplotlib绘图窗口,自动弹了出来。
窗口的背景是黑色的,上面散落着上千个白色的数据点,像一片杂乱的星空。
每一个点,都代表着一种蛋白质的“幽灵构象”。
程新竹屏住了呼吸。
下一秒,一条红色的细线,毫无征兆地出现在屏幕上。
它像一个技术高超的画师,灵巧地穿梭在那片星空中,将一个个看似毫无关联的、孤立的数据点,优雅地串联了起来。
最终,形成了一条平滑、连续、符合能量梯度下降的轨迹。
“成功了。。。。。。”
程新竹捂住嘴,声音里带着一丝颤音。
那条红色的轨迹,就是他们梦寐以求的,蛋白质错误折叠的路径!
“等等,”
林允宁没有庆祝,他指着屏幕上那条轨迹的中间某个位置,“你看这里。”
他将那部分区域放大。
只见在那段平滑的轨迹上,有一个极其突兀的“尖峰”。
“这是什么?”
程新竹凑了过去。
“能量势垒。”
林允宁调出了轨迹对应的能量变化曲线,“蛋白质在折叠到这里时,需要克服一个巨大的能量障碍才能继续往下走。
“换句话说,这是一个能量极不稳定的‘过渡态’结构。”
他敲了几个命令,将这个过渡态对应的三维结构单独渲染了出来。
屏幕上,一个由无数原子构成的、结构极其扭曲的蛋白质模型,静静地悬浮着。
程新竹看着那个模型,呼吸猛地一滞。
“等等。。。。。。这个形状。。。。。。折叠片在这里发生了致命的错位。。。。。。它就像一个结构上的“瓶颈!”
她猛地抬起头,看着林允宁,眼神里爆发出难以置信的狂喜。
“它就是那个中间体,药物设计的完美靶点!”
林允宁冷静地看着屏幕,点了点头。
“而且,”
他指着能量曲线上另外几个稍小的尖峰,“很可能不只一个。”